Malatya, Bizans hakimiyetindeyken şehir Türk
akınlarına maruz kaldı. Türkler ilk defa 1058’de şehir
civarında göründüler; halk bunlardan kaçarak,
yakındaki dağlara sığındı, 3.000 kişiden kurulu Türk kuvvetleri,
emir Ebu Dinar kumandasında 10 gün süreyle şehir ve civarını
yağmaladı. Fakat dönüşleri sırasında Sasun bölgesi halkı
tarafından pusuya düşürülerek yok edildi. Türkler,
imparator İsaak I (1057-1059) zamanında yeniden Malatya’ya
girdiler ve halkını esir ederek götürdüler. Bunun
üstüne İsaak’ın yerine geçen Konstantinos Dukas
X, 1060’ta (veya 1061) Malatya’nın iki sur ve hendeğini
yeniden yaptırdı ve İstanbul’da oturan Malatya ileri
gelenlerinden bir kısmını doğdukları şehre dönmelerini sağladı.
Çok kısa bir zamanda şehir yeniden onarıldı. Ancak sürekli
saldırılar yapan Türkler, burada büyük bir direnme
görmediler; Malatya etrafında karargah kuran ordular, başıbozuk
kuvvetlerle Türkler üzerine yürümek için,
Fırat’ı geçmekten çekindiler. Bununla beraber
Türkler, şehri kuşatmadılar ve Kayseri’ye
yürüyerek burayı aldılar. Romados Diogenes IV, 1068’de
Selçuklulara karşı harekete geçince, sınırları, Türk
kumandanı Afşin’in akınlarından korumak üzere
Malatya’ya bir kumandan gönderdi; aynı yıl, Flafatos
kuvvetleriyle Suriye sınırında kendisine geçici bir devlet kurdu
ve Malatya’ya Hetomoğlu Thoros’u vali olarak tayin etti.
Thoros’dan sonra ermeni Hareb, Balatianos (Valentianus) ve rum
Gabriel, Bizanslıların Türklere uzun süre dayanamayacaklarını
anlayınca, Malatya üstündeki hakimiyetini önce halifeye
onaylattı, sonra türlü hilelere başvurarak, Türk
kuvvetlerini Malatya’dan uzaklaştırdı ve daha sonra bu kuvvetler
Malatya’yı kuşatınca, Sivas’a hakim olan Danişmendoğlu
Gümüştigin’e başvurdu; onun yardımıyla Türklerle
barıştı. Anadolu Selçuklu Sultanı Kılıç Arslan I,
Malatya’yı ilk defa 1100’de kuşattı; fakat kızı
Morfia’yı Urfa kontu Baudouin ile evlendiren Gabriel’in,
Frankları yardıma çağırması üstüne geri
çekildi. Daha sonra Gümüştigin şehrin çevresini
yağmaladı. Bunun üstüne Antakya hükümdarı Mohemond,
yeğeni Riccordo ve bir süvari kuvvetiyle harekete geçti,
fakat Maraş yakınında tuzağa düşürülerek esir alındı ve
Niksar’a (veya Sivas) gönderildi (1100). Fakat Urfa hakimi
Baudouin’i yardımına çağırdı. Baudouin Malatya’yı
kuşatmadan kurtardı ve üç gün süre ile
Gümüştigin’i izledi. Urfa’ya dönerken
uğradığı Malatya’yı Gabriel kendisine teslim etti, o da, şehri
korumak için, buraya 50 süvari bıraktı. Bununla beraber
Gümüştigin aynı senenin sonbaharında halkın isteğine uyarak
yine Malatya önlerine geldi; halkın Gabriel’i teslim etmesi
üstüne Malatya’ya girdi (18 eylül 1101).
Böylece Malatya’da Danişmendli hakimiyeti başladı. İmparator
Aleksis Kommenos’un isteği üzerine Gümüştigin,
Malatya’ya getirdiği Bohemond’u 100.000 dinar karşılığında
serbest bıraktı (1103). Gümüştigin, Malatya’yı aldıktan
2 yıl sonra öldü (1103-1104). Yerine oğlu Yağıbasan
geçti. Bunun zamanında Anadolu Selçuklu Sultanı
Kılıç Arslan, 28 haziranda kuşattığı Malatya’ya hakim oldu
(2 eylül 1106). Fakat bir yıl sonra Tutuş’a mağlup olarak
Habur nehrinde ölünce, en küçük oğlu Tuğrul
Arslan, Malatya’da onun yerini aldı. Kılıç Arslan’ın
öteki oğulları arasındaki mücadeleler sırasında Mesud,
Malatya’ya kaçtı. Bu sırada Bohemond, Ceyhan ırmağının
yukarısındaki Elbistan ve Malatya çevresini ele geçirdi.
Fakat 1111’de Malatya sultanının atabeki Belek, Ceyhan
üzerindeki araziyi ondan geri aldı. Kılıç Arslan’ın
dul eşi Belek ile evlenmek üzere, 1113’te Malatya’dan
ayrıldı, fakat Büyük Selçuklu Sultanının oğlu
tarafından yakalandı. 15 mart 1118’de Kemah ve Erzincan emiri
Mengücek Gazi, Malatya çevresini yağmaladı. Bunun
üstüne genç hükümdarın annesi
Urfa’daki Joscelin’den yardım istedi. Ertesi yıl Tuğrul
Arslan, Danişmendli Gazi ve Bizanslıları yenen Belek’in
yardımlarıyla Ceyhan üzerindeki toprakları ve Elbistan’ı
aldı. Belek, Manbic önünde ölünce de Gerger’i
eline geçirdi. Bir süre sonra Danişmend Gazi, damadı
Selçuklu Sultanı Mesud ile birlikte Malatya üstüne
yürüyerek şehri kuşattı (1124); halkın yardımıyla
Malatya’ya girdi. Bu hükümdar devrinde Malatya barış
içinde yaşadı. 1135’te yerine oğlu Melik Muhammed
geçti; fakat kısa bir süre sonra Bizans imparatorunun
yaklaştığını haber alarak, şehri bıraktı. Joannis Kommenos II,
Suriye’ye kadar ilerlediği sırada, Selçuklu Sultanı Mesud,
Kilikya’ya saldırarak esir aldığı Adana halkını Malatya’ya
gönderdi. 1139’da Melik Muhammed de Kilikya seferine
çıktı. Ölümünden sonra Zünnun onun yerine
geçti. Bunun üstüne kardeşi Aynüddevle,
Malatya’yı kuşattı; şehirdeki Türk muhafızlar; Bureydiye
kapısını açarak Malatya’yı ona teslim ettiler. Bundan
sonra Selçuklu Sultanı Mesud, Aynüddevle’nin
kendisine bağlanmaması üstüne Malatya’yı iki kere
kuşattı fakat alamadı (1143-1144). Aynüddevle ölünce (12
haziran 1152) yerine oğlu Zulkarneyn geçti. Ancak çok
küçük yaşta olduğundan önceleri annesi onun
yerine saltanat sürdü; bir süre sonra genç
hükümdarı öldürmek istediği için, şehirden
çıkarıldı. Bunu bahane eden Mesud, yeniden şehri ele
geçirmek istedi (24 temmuz 1152); başaramadı. 1162’de
Zulkarneyn’in yerine küçük yaştaki oğlu
Nasırüddin Muhammed geçti. Eğlenceye
düşkünlüğü sebebiyle halkın gözünden
düştüğü için Malatya’yı bırakmak zorunda
kaldı (1170). Kardeşi Ebulkasım onun yerini aldı. 1172’de
ölünce yerine küçük kardeşi Feridun
geçti. Durumu haber alan Selçuklu Sultanı Kılıç
Arslan II, Malatya üstüne yürüdü; önce
şehri alamadı fakat Feridun, kardeşi Muhammed tarafından
öldürülünce dört ay süren bir kuşatma
sonunda şehre girdi (1178). Şehrin iki surunu onarttı (1181).
1185’te devlete bağlı olmayan Türkmenler Malatya
topraklarına saldırdılar. Bir süre sonra Kılıç Arslan
ülkeyi oğulları arasında bölerken Malatya’yı oğlu
Muizzüddin Kayserşah’a verdiyse de sonradan diğer oğlu
Kutbüddin Melikşah’a bırakmak zorunda kaldı. Salahaddin
Eyyubi’den destek gören Muizzüddin Malatya hakimi oldu.
1200’de kardeşi Tokat hakimi Rukneddin Süleyman,
Malatya’yı Muizzüddin’in elinden aldı. Bundan sonra
Malatya Selçuklu Sultanlarının elinde kaldı. Alaeddin Keykubat I
zamanında (1231) Moğollar, Malatya yakınındaki Fırat ırmağına kadar
ilerlediler. Alaeddin, Malatya’dan 100.000 kişilik bir ordu
toplayarak, Hisn Ziyad’ı aldı. Gıyaseddin Keyhüsrev II
zamanında Selçuklulardan ayrılan Harizmliler Malatya’ya
saldırdıkları gibi, 1241’de Baba İshak’ı Horasani’nin
başında bulunduğu Türkmenler şehri yağmalamak istediler (1241).
Gıyaseddin Keyhüsrev II’nin Kösedağ savaşında Moğollara
yenilmesi (1243), Malatya’nın zararına oldu. Şehrin subaşısı
Reşidüddin, Selçuklu hazinelerini yağmaladı, şehrin
ilerigelenleri Haleb’e çekildiler. Moğollar şehri
sardılar.
Selçuklu Devletinin Hulagu tarafından kardeşler arasında
bölünmesi üstüne, önce İzzeddin Keykavus II,
Malatya’da hüküm sürdü; sonra yerine
Rükneddin Kılıç Arslan IV geçti. İzzeddin asker
toplamaları için Malatya bölgesine adamlar gönderdi
(1257); fakat şehirliler adamlarını Moğolların korkusundan kabul
etmediler. Abaka zamanında (1265-1282) yapılan yeni bir
bölünme sonunda Malatya, Gıyaseddin Mesud II’nin
hissesine düştü. Cimri olayı (1277) sırasında Malatya
bölgesinde bulunan Germiyan Türkmenleri Kütahya
bölgesine geldiler. Memluklar Malatya’yı almak üzere
birçok teşebbüste bulundular. 1316’da
Melikünnasır Muhammed zamanında Malatya önüne gelen bir
Memluk ordusu şehri alarak tahrip etti. Bundan sonra Malatya
Memlukların bir uç kalesi oldu. Ancak Dulkadıroğulları Elbistan
dolaylarında kuvvet kazanınca Memluklu hakimiyeti etkisini kaybetti.
Osmanlılar, Yıldırım Beyazıd zamanında etki alanlarını Doğu’ya
kaydırdıkları sırada Malatya, Akkoyunlular, Memluklar ve Osmanlılar
arasında birçok savaşa yolaçtı. Sivas ve Kayseri hakimi
kadı Burhaneddin Ahmed, Amasya beyi Şadgeldi Ahmed Bey ve onun
yardımına gelen Yıldırım Beyazıd yüzünden Malatya’ya
kaçtı, fakat Divriği yakınlarındaki Karayel’de Akkoyunlu
hükümdarı Karayölük Osman Bey tarafından
öldürülünce (1398) Yıldırım Beyazıd, kadı
Burhaneddin’in topraklarına sahip çıktığı gibi Malatya
üstünde de hak ileri sürdü. Malatya’yı
korumak isteyen Dulkadıroğlu Suli Bey, kızı Emine hatunu, Yıldırım
Beyazıd’ın oğlu Şeyhzade Süleyman ile nişanlayarak
Osmanlılar tarafına geçti. Memluk sultanı Berkuk, bu olay
üstüne Suli Bey’i öldürterek Malatya’yı
Sadaka Bey’e verdi. Suli Bey’in yeğeni Nasırüddin
Mehmed Bey, Yıldırım Beyazıd’a başvurarak kendisine yardım
edilirse Osmanlılara bağlanacağını bildirdi. Bunun üstüne
Yıldırım Beyazıd, Berkuk’un ölümünden ve yerine
Ferec’in geçmesinden yararlanarak Dulkadırlılar
üstüne yürüdü ve Memluklu emiri
Çakmak’tan Malatya’yı aldı (1399). Ancak
Osmanlıların şehirdeki hakimiyeti bir yıl kadar sürdü. Timur
Malatya’yı Osmanlılardan aldı (1401). Yıldırım Beyazıd’a
haber göndererek Osmanlılara sığınan Sultan Ahmed Celayir ile
Karayusuf’a karşı şehrin geri verilebileceğini bildirdi. Yıldırım
Beyazıd bu isteği kabul etmedi; fakat Ankara’da yenildi (1402).
Dulkadırlılar, Timur’un Anadolu’dan gitmesinden sonra,
Memluklar döneminde Malatya’ya hakim oldular. Ancak,
Memluklar bu şehre ayrı bir önem verdiklerinden vali
göndermekten de geri kalmadılar. Bu yüzden Dulkadırlılarla
araları açıldı. Nitekim Beyazıd II devrinde
Çukurova’da yapılan Osmanlı-Memluk savaşları sırasında
(1485-1491), Dulkadıroğlu Alaüddevle Bozkurt, Osmanlılarla
işbirliği yaparak Malatya’ya hücum etti, başarı
sağlayamayarak Memluklularla anlaşmak zorunda kaldı (1485). Bu
yüzden Memluklar Malatya’ya en seçkin emirlerini vali
olarak gönderdiler. Nitekim son Memluklu Sultanı Kansu Gavri,
Malatya’da valilik yapmış, Osmanlı lehçesinde şiirler
yazmıştır. Yavuz Sultan Selim, Memluk seferine çıkarken
Malatya’yı aldı (1516). Temmuz sonunda Malatya önlerine
gelen Türk ordusu, Hadım Sinan Paşa ile birleşerek
Malatya’ya girdi. Yavuz Selim Dulkadıroğlu topraklarını
Şahsuvaroğlu Ali Bey’e verdi. Mısır’ın alınmasından sonra
(1517) Malatya kesin olarak Osmanlı sınırlarına katıldı ve bir
uç şehri olmaktan çıktı. Şehsuvar Bey’in bir iftira
yüzünden Kanuni devrinde Ferhad Paşa tarafından
öldürülmesiyle Malatya’da Dulkadır soyu son buldu
(1522). XVII’nci yüzyılda Celali isyanları başladığı zaman
Malatya, asilerin soygunlarına uğradı. Celalilerden Bölükbaşı
Kara Ahmed, Malatya’ya çok zarar verdi. Kocasinan Paşa,
Kara Ahmed’i devlet hizmetine aldı. Malatya, İran seferleri
sırasında orduya erzak sağladı. XVIII’nci yüzyılda
Malatya’da imar çalışmaları başladı. Bazı cami ve
mescidler yapıldı veya onarıldı. XIX’ncu yy.da Kavalalı Mehmet
Ali Paşa’nın oğlu İbrahim Paşa’ya yenilen ve esir olan
Mehmet Reşid Paşa, serbest bırakılarak sadaretten azledildikten sonra
Diyarbakır-Sivas-Harput valiliklerine gönderildi. Paşa bu arada
Malatya’yı onarmak için 1833’te 40 tabur askerle
şehre geldi. Arguvan bölgesindeki Dirican, Nermigan,
Arapgir’deki Atmalı, Şötikak ve Akçadağ’daki
Kürne, Kürecik, Gözene aşiretleriyle Adıyaman, Besni
civarındaki aşiretler arasında güvenliği sağladı. Bu başarı, İzolu
çevresindeki aşiret reislerini telaşa düşürdü.
Fırat’ı geçecek olan Osmanlı askerlerinin kayıklarını
batırarak bunların kendi üstlerine gelmesini önlemek
istediler. Bu olaya kızan Mehmed Reşid Paşa, olayı yaratanları astırdı.
Mısır meselesi üstünde 1839’da Mahmud II’nin
emriyle Hafız Mehmed Paşa, karargahını Elazığ’da kurarak Kavalalı
ile çarpışmaya hazırlandı. Orduyu Malatya’ya getirdi.
Askerlerin içinde Alman kurmayları da vardı. General Moltke, o
sırada yüzbaşı rütbesiyle Malatya’da bulunuyordu. Hafız
Mehmed Paşa, askerini Orduzu’ya 4 km. uzaklıktaki Eski
Malatya’nın içine yerleştirdi. Han, ev ve köşkleri
işgal etti. Halk, Bağlar bölgesinden (Aspuzu) şehre inemedi. Bağ
evlerinde kışı geçirdi. Aspuzu’da yerleşen halk, burada
bir şehir kurarak bir daha eski yerine dönmedi. Böylece
Malatya, ad değiştirmeden, bir üçüncü defa yer
değiştirdi. Malatya, Tanzimattan sonra, yeni yerinde gelişmeye başladı.
Büyük iş merkezlerinden biri durumuna geldi. Cumhuriyetten
önce mutasarrıflık; cumhuriyetten sonra il oldu.